Contacté en 1997, le Conservatoire d’espaces naturels de Poitou-Charentes s’est intéressé à ce projet ambitieux et exemplaire de réhabilitation d’une zone humide à partir de terres cultivées. Avant d’engager une intervention foncière, préalable incontournable à une gestion pérenne du site, la structure a lancé une étude écologique, nécessaire pour argumenter et justifier le financement possible d’acquisitions sur ce territoire. L’objectif de ce diagnostic était ainsi de démontrer l’intérêt scientifique du site et sa capacité, après trois ans de remise en eau, à accueillir une flore et une faune patrimoniale. Le diagnostic mené en 1998 démontre que le milieu voit réapparaitre une flore et une faune exceptionnelle.

Les arguments scientifiques ont convaincu le Conservatoire de développer une action de maîtrise foncière amiable. Ainsi, en achetant et/ou en proposant des terres en échanges aux propriétaires et exploitants présents sur le site, le conservatoire tente ainsi depuis l’année 2000, en partenariat avec la SAFER, la Chambre d’agriculture et les acteurs agricoles locaux d’obtenir une maîtrise foncière sur environ 35 hectares afin d’y développer une action de gestion durable en faveur de la biodiversité et de la ressource en eau.

Grâce à la participation du Conseil général, de la Région, de l’Europe et de l’Agence de l’eau Adour-Garonne, le Conservatoire est aujourd’hui propriétaire d’environ 20 hectares sur le marais, et un travail de gestion s’engage en faveur du milieu et des espèces inventoriées. Grâce à ce travail, les marais de Saint-Fraigne ont retrouvé leurs aspects d’origine et sont redevenus d’extraordinaires réserves naturelles pour la faune et la fore des milieux humides.

Saint-Fraigne a mis en place une collecte de fonds afin de restaurer l’Église. Merci de rejoindre la fondation du patrimoine

Quelques vestiges isolés indiquent une fréquentation du territoire de Saint-Fraigne pendant l’âge du Bronze : un tesson décoré venant d’une jarre de stockage du Bronze ancien, vers 1800-1600 avant J.C de la tourbière de l’Osme.
À propos de l’âge du Bronze, on se saurait passé sous silence le curieux dépôt de haches de La Font Brisson aux Gours, parfois mentionnée par erreur sur la commune de Saint-Fraigne, dont l’« inventeur » « informa » le préhistorien Gustave Chauvet, lequel préféra sagement n’en tenir aucun compte dans ses travaux. Et pour cause : une grossière forgerie, réunissant objets authentiques, mais de dates incompatibles de Bronze moyen et de l’âge du Fer, et faux purs et simples. Des âges du Fer, il n’est pas connu de vestiges à cette date.

Quelques découvertes sporadiques ont été signalées au XIX -ème siècles. En 1881, J.Maurin informa la Société archéologique et historique de la Charente de la trouvaille, dans un lieu non précisé « aux environs de Saint-Fraigne », d’une statue présumée gallo-romaine, qu’il ne décrit pas, « dans un trou rempli de pierres, où se trouvaient, l’a-t-on assuré, quelque esquilles d’os mêlées de charbon ». S’agissait-il d’une sépulture à incinération ? Aucun contrôle n’est plus possible. Une belle statuette de Diane en calcaire, trouvée au Lieu-dit Richard, acquise par l’érudit Philippe Delamin, fut remise par ses héritiers au musée de la Société archéologique et historique de la Charente.
À un kilomètre environ de l’emplacement de la découverte de cette statuette, furent dégagés plusieurs bassins en béton. La description de cuvettes de vraisemblances qu’ils appartenaient à une exploitation vinicole gallo-romaine.

Le Pays d’Aigre, histoire de 18 communes entre vallons, plaines, forêts et marais, a été créé le 23 décembre 1993. Cette ancienne communauté de communes, dont le siège était à Aigre, rassemblait les communes de Barbezières, Bessé, Charmé, Ebréon, Fouqueure, Les Gours, Ligné, Lupsault, Oradour, Ranville-Breuillaud, Saint-Fraigne, Tusson, Verdille, Villejésus ainsi que Ambérac (du canton de Saint-Amant-de-Boixe) et Marcillac-Lanville et Mons (du canton du Roullacais).
Depuis bien des années (1633), le marché du jeudi attire les habitants de ces villages voisins. En effet, c’était à l’époque, un lieu de transaction important pour les grains et l’alcool. De plus, cette commune était attrayante puisqu’elle proposait des services de la vie quotidienne tels que la banque, le médecin, la pharmacie ou les commerces.
En 2008, Franck Bonnet est élu président jusqu’en 2014. En 2014, la communauté de commune comptait 4 536 habitants.
Cette communauté de commune disparaîtra au 1er janvier 2017 suite à la fusion avec la communauté de commune de la Boixe (14 communes) et du Pays Manslois (27 communes) pour former la nouvelle communauté de communes à laquelle Saint-Fraigne appartient aujourd’hui : Cœur de Charente.